Dans un futur proche, alors qu’une épidémie nommée la Grande Souche a ravagé l’essentiel de l’humanité, une énigmatique race extraterrestre est venue s’installer sur notre planète. De formes, de tailles et d’attributs variés, personne ne sait d’où ces intrus viennent ni quel est leur but puisqu’ils n’interagissent pas avec les humains. Ce que l’on sait, en revanche, c’est que la proximité avec certains d’entre eux provoque des réactions sur les individus et leur environnement : nausée, hystérie, migraines, sécheresse...
Face à cela, l’humanité s’est alors divisée en 3 catégories : ceux qui ont décidé de s’adapter et de cohabiter avec cette nouvelle espèce ; ceux qui ont choisi de résister et d’enrôler de force tous ceux qu’ils rencontrent à leur cause ; et ceux qui leur vouent un culte, voyant dans leur arrivée la manifestation d’une intervention divine.
Au cœur de la tourmente, Andrew, persuadé d’avoir perdu toute sa famille, a trouvé refuge auprès d’une communauté pacifique. Il ignore que sa fille, Amanda, est toujours en vie... et qu’elle a, de son côté, intégré une bande de résistants particulièrement violents.