Aceasta nu e doar o alta misiune. Organizatia IMF e inchisa fiindca a fost facuta publica implicarea ei intr-un complot global de atacuri teroriste cu bombe. E initiat Protocolul Fantoma (Ghost Protocol), iar Ethan Hunt si noua sa echipa de duri trebuie sa se infiltreze si sa actioneze sub acoperire pentru a spala numele organizatiei din care fac parte. Cand intra sub acoperire ei nu mai au ajutor, nu mai au legatura cu organizatia, sunt in afara "hartilor" cunoscute.