Aceasta nu e doar o altă misiune. Organizaţia IMF e închisă fiindcă a fost făcută publică implicarea ei într-un complot global de atacuri teroriste cu bombe. E iniţiat Protocolul Fantomă (Ghost Protocol), iar Ethan Hunt şi noua sa echipă de duri trebuie să se infiltreze şi să acţioneze sub acoperire pentru a spăla numele organizaţiei din care fac parte. Când intră sub acoperire ei nu mai au ajutor, nu mai au legătură cu organizaţia, sunt în afara "hărţilor" cunoscute.