După prima misiune, echipajul Enterprise este chemat înapoi acasă, unde află că o putere de neoprit a instituit teroarea din interiorul propriei lor organizaţii, aruncând în aer întreaga flotă şi tot ce reprezenta ea, lăsând lumea noastră într-o situaţie de criză.

Astfel, căpitanul Kirk porneşte o vânătoare de capete într-o zonă de război cu misiunea de a da de urmă celui ce este sursa armelor de distrugere în masă. Pe măsură ce eroii noştri sunt propulsaţi pe tabla acestui epic joc de şah al vieţii şi al morţii, dragostea va fi pusă la încercare, prieteniile se vor destrăma şi va fi nevoie de sacrificii pentru protejarea singurei familii a lui Kirk: echipajul său.