Batalia pentru Pamant tocmai s-a incheiat, insa batalia pentru Univers abia a inceput. Dupa reintoarcerea pe Cybertron, Starscream preia controlul asupra Decepticonilor si este hotarat sa se intoarca pe Terra cu forte crescute.

Autobotii, convinsi ca pacea este posibila, afla ca ramasitele lui Megatron au fost furate de la Armata SUA si ca Decepticonii incearca sa-l readuca la viata. Cu Megatron la fel de puternic ca la inceput si ajutat de Starscream si noi membri ai grupului Decepticonilor, Autobotii pot avea mari batai de cap in incercarea de a proteja libertatea.

Optimus Prime incearca sa il salveze pe Sam , dar este omorat. Sam incearca sa inteleaga niste simboluri si ajunge in Egipt , dandu-si seama ca este posibil sa il invie pe Optimus cu ajutorul Matricei, pe care o gaseste dar care se transforma in praf. Totusi Sam nu isi pierde speranta ca va reusi, si astfel porneste o cursa disperata pentru a ajunge la Optimus, incercand sa treaca printre decepticoni, alaturi de Mikaela.