Trădat de familiile conducătoare din Italia, Ezio începe să se pregătească pentru a deveni asasin. Ajunge astfel să fie atras în războiul secret dintre Ordinul Asasinilor și Ordinul Templierilor, care are drept scop obţinerea Mărului Edenului, un artefact ce poate controla mințile oamenilor, provenit de la o civilizație străveche, superioară tehnologic.